Когда вид клеща — носителя болезни — был обнаружен, начались опыты. Из мозга зараженных погибших мышей делали эмульсию и впрыскивали её здоровым животным — болезнь поражала и их. Нужно было выяснить, является ли клещ лишь переносчиком болезни или возбудителем. Тогда таёжная лаборатория занялась размножением клещей. Возбудители болезни передавались от одного поколения клещей к другому, следовательно, клещи были природными хранителями возбудителя болезни. Затем учёным удалось разработать эффективную защиту против паразита и самой болезни. Сыворотку получили из крови переболевшего клещевым энцефалитом человека, она выработала антитела, губительно действующие на вирус.
Сыворотка облегчала течение и последствия болезни. Со временем разработали и вакцину. Всего академик совершил более 160 экспедиций по изучению паразитарных болезней и ядовитых животных и не раз подвергал себя смертельной опасности. В итоге он написал около 1 200 научных работ. Главный его труд его — учение о природной очаговости некоторых болезней. Основная идея заключается в том, что в природе естественно возникли и существуют независимо от человека болезни диких животных. При освоении новых территорий эти болезни могут передаваться человеку. Это учение получило признание во всём мире. Оно дало возможность создать действенные меры защиты от целого ряда инфекций и стало базой для новых исследований.
Центральная Азия оставалась в сфере внимания Евгения Павловского на протяжении всей его жизни. Последняя поездка академика в мае 1965 г. была совершена в среднеазиатский регион: 19 мая ученый возвратился из Душанбе в Ленинград, а 27 мая Евгений Павловский ушел из жизни.
Значительный вклад Е.Н. Павловский внес во время Второй мировой войны. Находясь в тылу, он курировал 29 госпиталей на территории Таджикистана и применял новые препараты и лекарственные средства, такие как мумиё и арчёвое масло, которые спасали наших солдат Советской армии от ранений.
За свои заслуги Евгений Павловский получил множество государственных званий и премий, награждён орденами и медалями. Он был заслуженным деятелем науки РСФСР, академиком Академии наук СССР и Академии медицинских наук СССР, почётным членом Академии наук Таджикской ССР, профессором Военно-медицинской Академии, начальником кафедры биологии и паразитологии ВМА, директором Зоологического института АН СССР.
Имя академика Е. Н. Павловского носит Институт зоологии и паразитологии Академии наук Республики Таджикистан. Учебно-исследовательский экологический центр им. Е. Н. Павловского Муниципального бюджетного образовательного учреждения дополнительного образования детей «Борисоглебский центр внешкольной работы». Буксир «Академик Павловский» — в 1950 году буксиру, эксплуатируемому в пределах речной системы Ленинграда, присвоено наименование «Академик Павловский». Памятники академику установлены в Хабаровске и Душанбе, а в Борисоглебске расположен его дом-музей. За выдающиеся работы в области зоологии и паразитологии РАН присуждает премию имени Е.Н. Павловского.
